МБОУ школа – интернат № 13 основана в апреле 1947 года на основании приказа начальника Отдела народного образования города Челябинска. Открыт детский дом для детей – сирот. В 1959 году приказом начальника Отдела народного образования города Челябинска на базе детского дома открыта средняя школа-интернат №6 для детей-сирот и детей работников металлургического завода, отъезжающих в длительные командировки. В 1981 году Приказом начальника Управления образования города Челябинска от 31.08.1981 восьмилетняя школа-интернат №6 реорганизована в специальную восьмилетнюю школу-интернат №13 для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, с задержкой психического развития.
В 1989 году в школе-интернате №13 открыты классы по обучению и воспитанию детей с задержкой психического развития в объёме неполной средней школы. 1994 год - специальная восьмилетняя школа-интернат №13 для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, с задержкой психического развития реорганизована в Муниципальную специальную общеобразовательную школу-интернат №13. В 1993 году в специальной школе-интернате №13 для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, с задержкой психического развития состоялся первый выпуск учащихся, окончивших 9 классов
В 1994 -1996 годы была разработана и реализовывалась Концепция допрофессионального трудового обучения социально-трудовой образовательной Программы. В рамках Программы началась работа по начальной предпрофессиональной подготовке воспитанников по профессиям: домашняя медсестра, электросварщик, каменщик. 
В 2000 году на основании приказа Главного Управления образования Муниципальная специальная общеобразовательная школа-интернат №13 получила статус Муниципального образовательного учреждения для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, специальной (коррекционной) школы-интерната №13 для детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей, с отклонениями в развитии города Челябинска.